湖泊生態(tài)環(huán)境研究所是以解決湖泊生態(tài)環(huán)境保護和飲用水源地安全保障中的實(shí)際問(wèn)題為導向，圍繞國家湖泊與飲用水水源地環(huán)境管理的中心工作，開(kāi)展流域污染治理與生態(tài)環(huán)境保護的基礎性、應用性及管理支撐研究，研發(fā)水質(zhì)改善與富營(yíng)養化防治關(guān)鍵技術(shù)，提出以解決問(wèn)題和改善生態(tài)環(huán)境為目標的湖泊流域生態(tài)環(huán)境保護綜合保護方案，推動(dòng)科技成果轉化應用，助力湖泊環(huán)保產(chǎn)業(yè)技術(shù)進(jìn)步，為國家湖泊和飲用水水源地的生態(tài)環(huán)境管理與決策提供技術(shù)支撐。

湖泊生態(tài)環(huán)境研究所支撐著(zhù)生態(tài)環(huán)境領(lǐng)域的第一個(gè)國家工程實(shí)驗室“湖泊水污染治理與生態(tài)修復技術(shù)國家工程實(shí)驗室”，2個(gè)部級重點(diǎn)實(shí)驗室“生態(tài)環(huán)境部湖泊污染控制重點(diǎn)實(shí)驗室”“生態(tài)環(huán)境部飲用水水源地保護重點(diǎn)實(shí)驗室”，1個(gè)生態(tài)質(zhì)量綜合監測站“湖南洞庭湖站（濕地）”；同時(shí)也是科技部良好湖泊創(chuàng )新團隊的核心單位，中國環(huán)境科學(xué)學(xué)會(huì )水環(huán)境分會(huì )依托單位。

湖泊生態(tài)環(huán)境研究所現有職工76人，其中，高級職稱(chēng)40人，博士生導師5人，碩士生導師21人，1人獲得國家高層次人才，3人獲得環(huán)境保護專(zhuān)業(yè)技術(shù)領(lǐng)軍人才稱(chēng)號。

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